為了促進藏獒的選育、提純和品質改良，僅僅重視對藏獒的選擇是不夠的，還必須注意並加強藏獒的配種。但不是藏獒在原產地的自然交配，而是人們有目的、有意義地選取在性狀表現、性能特徵乃至親緣關係等方面有一定特色的公母犬進行交配。選配不僅可以鞏固父母本藏獒在某些方面的性狀遺傳，更可以創造和培育出優良的藏獒個體。這種交配方法或交配形式稱為藏獒的選配。藏獒的選配有以下幾種類型。
一、等級選配
即按藏獒綜合評定等級標準對與配公母犬進行等級評定，確定公母犬的等級後，再確定公母犬的配對或交配。通常公犬的評定等級應高於母犬，每世代主配公犬應達到特級，不低於一級。而基礎母犬或稱為與配母犬應達到一級，個別具備獨特性能或特徵母藏獒容許二級。公犬的等級按特級或一級要求，原因在於公犬影響面大。選擇品種性能或特徵優良的公藏獒配種，利於提高犬群的整體水準，並使犬群性狀整齊，表現一致。
二、保持血統
保持血統的意義在於保持以血統為特徵的不同犬類型。據調查，藏獒有6 種基本毛色，並各自在頭形、嘴形、尾形、被毛分佈、氣質品位等方面具有特色。按血統選擇公母犬交配，可以有效地把不同血統公母犬所具有的性狀與特徵集合在一起，創造出理想的藏獒個體，也可以把各血統藏獒所具備的優良性能和特徵穩定下來，保持下去。
保持血統選配方法與按家系留種的方法應科學結合使用，一方面按家系留種，規定在世代更替中，必須為每只種公犬留有1 個兒子，以繼承其血統。也規定為每條母犬留1 個女兒，以保持其遺傳性。這樣可使各家系的特徵得以保存。另一方面，並不排除各血統間或血統內公母犬間的交配。
就後者而言，容許有一定範圍和程度的近交。為使某一家系藏獒獨特的品質性能得到擴展或穩定遺傳，或者為剔除某一血統可能存在的隱性缺陷，最有效的方法就是在該家系藏獒中實施一定程度的親緣交配，即近交。
據測定，藏獒有極強的抗近交能力，使用近交係數3 . 125 %-12 . 5 %的近交形式，諸如姑侄、叔侄、甚至半同胞交配，可有效地在後代藏獒中再現出類拔萃的祖先個體的形態和特徵，後代藏獒在生活力、抗病力、適應性及生長發育等方面並不表現出衰退。事實上，藏民群眾也認為“有親戚關係的狗交配，狗娃表現好”。進而言之，遍查世界所有家畜、家禽的育成歷史，幾乎都不同程度地使用了近交。
近交可以促進性狀基因的純合，鞏固性狀的遺傳性，揭露有害基因，並有效地形成犬群的整齊一致。所以，只要有明確的目標和正確的措施，靈活的方法，嚴格選種，就不僅能防止近交可能引起的不良後果，做到近交不衰退，並可以儘快地建立性狀穩定、品質純正的藏獒群。
理論上也可以說明，在藏獒品種形成的近千年曆史中，經歷了青藏高原嚴配，自然環境的磨練和藏民群眾極端嚴格的選擇。在藏獒種群中，應當說，隱性有害基因表現的可能性很小，凡有不良表現的個體都會被淘汰，保留的個體，幾乎不攜帶隱性不良基因。因此，在近交中隱性不良基因重合的可能性就更低，即使近交也很少表現衰退。
但這種交配卻能最有效地促進決定優良性狀基因的純合，固定優良性狀並保存某些優良個體的血統，將某一非常優良藏獒的品質性能儘快變成群體所共有，實現創造和培育優良藏獒的目標。
三、品質選配
這種交配方式是根據與配公母犬的品質對比而決定是否交配。即選取在性狀表現、性能特徵、氣質表現以及與適應性有關的性狀上相同或不相同的個體進行交配。
前者稱為同質交配，後者稱為異質交配。這兩種交配方法有時單用，有時同用。即根據與配公母犬在體型、外貌、體質、體尺以及毛色等方面的表現，有時可以進行同質交配，有時可以進行異質交配；有時可能先同質，後異質；也可能某幾個性狀上是同質，另外的性狀上卻可能是異質。
針對藏獒在頭形、嘴形、耳形以及骨量和毛色等方面的表現來決定。進行品質交配應有計畫，計畫應盡可能詳細。如果是異質交配，公犬應在體尺、頭形、嘴形、耳形和骨量上有優勢，表現出類拔萃。
母犬在體長、體高、繁殖力等方面有良好表現。這樣的公母犬交配，後代一般會繼承父母雙方的優點，形成優良性狀性能。在頭形、嘴形、耳形和骨量等方面像公犬，而在體高、毛色與繁殖性能方面似母犬。同質交配則要求公母犬在頭形、嘴形、骨量、毛色方面具有相似的優點，交配後可使這些性狀得到鞏固和遺傳。
品質交配的難點是根據毛色進行公母犬配對。藏獒有6 種基本毛色：純黑色、鐵包金色（又稱“四眼”或馬鞍色）、紅棕色、杏黃色、純白色和狼青色。
除此之外，還有許多其他中間毛色。毛色遺傳表現十分複雜，決定該6 種毛色的基因是複等位基因。即在決定毛色的染色體的同一位點上至少存在著6 對等位基因，這些等位基因之間存在著顯性、等顯性、無顯性等不同關係。
例如，黑色公犬交配紅棕色母犬，後代有黑色、紅棕色、巧克力色（底毛是紅棕色，毛尖呈紅黑色），呈無顯性遺傳。如果用紅棕色公犬與黑色母犬交配，即反交，後代中除出現黑色與紅棕色幼犬外，還會有狼青色個體出現。關於藏獒的毛色，除受到遺傳制約外，也隨年齡發展而變化。
除純黑色、四眼毛色犬外，其他如紅棕色、杏黃色藏獒在幼小階段都表現著色程度不同的青灰色胎毛，3 月齡左右，胎毛逐漸褪去，開始出現黃色或紅棕色。判斷足月小犬未來顏色最重要的部位是耳後的毛色。
根據耳後的毛色基本可以確定一生的毛色。在藏獒中所占比率最高的四眼毛色，雖然生來具有，但眉斑有大小，顏色有深淺。標準的四眼毛色應該為眉斑大而圓，斑緣整齊、清晰，顏色以紅色最佳，黃色較好，白色四眼較差。 |
